Многа чуда Господ је учинио и чини на молитве Светог Нектарија. Приписују му до сада неколико хиљада учињених чуда, која су објављена у разним књигама, а сигурно има много више оних која нису записана и која Светитељ непрестано исписује по срцима многих који му се обраћају за помоћ, а за која ће се сазнати у дан, свеопштег Васкрсења.

Чудо на Патмосу

На острву Патмосу живео је велики духовник архимандрит отац Амфилохије Макрис. Он је био духовно чадо Светог Нектарија Егинског и три године провео је са Светитељем заједно у манастиру. Далеке 1967. године старац Амфилохије се разболи од гангрене десне ноге. Лекари препоруче хитну операцију, односно да му одсеку део стопала. Међутим старац Амфилохије боловао је од шећерне болести и увидевши тај проблем, лекари нису знали шта да чине, јер ако одесеку део стопала, услед повишеног шећера у крви, рана му не може зарасти. Старац замоли монахе, да му донесу део моштију Светог Нектарија. Они тако и учине. Када старац Амфилохије добије део моштију, он у болничкој соби завапи Светом Нектарију: „Светитељу Божји, били смо заједно у манастиру, служио сам те, видиш сада моје муке, учини нешто, молим те…“ После усрдне молитве старац је ставио део моштију Светог Нектарија на своју болесну ногу, заспао је… Када се пробудио, нога је била потпуно здрава. Лекари су били у чуду…. Ово чудо је лично испричао старац Амфилохије Макрис, Митрополиту црногорско-приморском господину Амфилохију (Радовићу) на острву Патмосу.